Manga yw Shingetsutan Tsukihime wedi'i seilio ar nofel weledol enwog Type-Moon, Tsukihime.
Mae'r stori yn dilyn Tohno Shiki, bachgen yn ei arddegau a enillodd, ar ôl damwain a oedd bron yn angheuol yn ei blentyndod, y pŵer dirgel i ganfod llinellau a oedd yn gorchuddio popeth o'i gwmpas. Pan fydd yn torri ar hyd y llinellau hyn, mae beth bynnag ydoedd ar unwaith yn cwympo ar wahân gyda thoriad glân; mewn geiriau eraill, gan ei ladd. Yn drafferthus iddo, cyfarfu â consuriwr hunan-gyhoeddedig crwydrol a roddodd bâr o sbectol iddo a rwystrodd ei ganfyddiad annaturiol wrth wisgo.
Yn fuan wedi hynny, cafodd ei ddiheintio oddi wrth ei deulu a'i anfon i fyw gyda rhai perthnasau. Am wyth mlynedd bu’n byw bywyd normal, gan guddio ei lygaid arbennig, nes iddo dderbyn llythyr un diwrnod yn ei wahodd i ddod yn ôl adref. Yn sydyn, daw Shiki i fyny mewn digwyddiadau rhyfedd sy'n peryglu bywyd, rhai sydd rywsut yn gysylltiedig â'i ddamwain plentyndod a gorffennol anghofiedig…
