Yn y byd hwn, mae yna unigolion o'r enw “Majin”: bodau goruwchnaturiol sy'n gallu arddel pwerau unigryw. Maent yn byw ymhlith bodau dynol arferol, ond mae'r rhaniad a grëir rhwng y Majin a'r hil ddynol arferol yn ddifrifol. Mae yna ysgol o'r enw Peryglus, lle mae cymhareb poblogaeth myfyrwyr Majin yn fwy na chymhareb unrhyw ysgol uwchradd arall. Yn yr ysgol hon, mae dau grŵp o'r enw “Banchou Group” a'r “Seitokai” yn wynebu ei gilydd mewn rhyfel, ond maen nhw wedi creu cydbwysedd pŵer, gan arwain at heddwch dros dro. Nawr, gyda chynnwys myfyrwyr newydd, mae'r cydbwysedd pŵer hwn ar fin cwympo. Gorfodir un o’r myfyrwyr “normal”, Ryouseiin Otome i ddewis ochrau cyn dechrau Armageddon.
