Yn Tokyo a gydnabyddir fel Shinto Teito yn y flwyddyn 2020, mae Minato Sahashi, 19 oed, yn ddeallus iawn, ond oherwydd ei anallu i ymdopi o dan bwysau mae wedi methu prawf mynediad y coleg ddwywaith.
Mae Minato yn cwrdd â merch o'r enw Musubi, sydd mewn gwirionedd yn cwympo yn y nefoedd un diwrnod. Cyn bo hir, mae Minato yn dysgu ei bod hi’n “Sekirei” a’i dewisodd fel ei “Ashikabi”, ymhlith y grŵp cryptig o unigolion sy’n meddu ar y nodwedd etifeddol sy’n gallu creu bargen - trwy gusanu - gyda’r Sekirei. Mae hyn yn eu galluogi i ddefnyddio cyfanswm eu pŵer i gael gwared ar wrthdaro â Sekirei eraill ac yn rhwymo'r Sekirei iddo. Yn cynnwys 108 o ferched annwyl, menywod buxom, a bish? Nen, brwydr Sekirei mewn gornest o’r enw “Cynllun Sekirei” a ffurfiwyd gan Hiroto Minaka, cadeirydd a sylfaenydd Corfforaeth MBI dirgel a phwerus.
Cyn bo hir, mae Minato yn dysgu nad yw bod yn briod i fenyw yn hwyl ac yn gêm, yn enwedig pan fydd sawl Sekirei arall yn ei ddewis, pob un yn ffurfio bargen ag ef, fel eu Ashikabi. Nawr, dylai Minato ddarganfod dull i oroesi gwrthdaro bygythiol bywyd Cynllun Sekirei a chystadleuaeth ddwys ei gymdeithion iddo.
Mae Sekirei yn fodau uwch-bwer sy'n defnyddio cod arall yn union fel un person. Fe darodd llong ofod Sekirei ar y Ddaear ym 1999 ar Ynys Kamikura, ac fe’i darganfuwyd gan ddau ddisgybl, Hiroto Minaka (darpar gadeirydd MBI) a Takami Sahashi (darpar ymchwilydd pen MBI a mam Minato). Ar fwrdd y llong, roedd y pâr wedi darganfod 108 o ffurfiau bywyd, a eglurwyd fel “Un piler a 107 o adar bach”.
