Mae'r stori'n parhau lle gadawodd y tymor cyntaf fisoedd yn unig i'r dyfodol. Mae Yuokai Gakuen wedi'i atgyweirio ac mae'r semester newydd ar y gweill. Mae Tsukune a gang yn ôl, ac yn fwy pwerus nag erioed. Mae gwir hunaniaeth Gwrth-Thesis yn rhyddhad. Gyda gwrthwynebwyr newydd ar y gorwel, a rhywbeth llawer mwy sinistr yna mae'r gang erioed wedi wynebu o'r blaen.
Mae Tsukune yn brwydro gyda'r anghenfil y tu mewn iddo. Gyda chymorth Moka, Mizore, Kurumu, Ruby, ac Yukari. Mae Tsukune yn hyfforddi i gael ei waed fampir dan reolaeth a'r nerth i amddiffyn yr hyn sy'n annwyl iddo.
Mae'r tymor newydd yn canolbwyntio mwy ar y merched, eu gorffennol, a'u teuluoedd. Mae gwrthdaro newydd yn aros amdanynt. Bydd ffrindiau a chynghreiriaid newydd yn ymuno â nhw wrth eu hochr. Gyda’i gilydd byddant yn darganfod cyfrinachau rosari Moka, a’i llinach…
