Yn dilyn digwyddiad torri môr Tuatha de Danaan, mae pethau'n ôl i normal yn Ysgol Uwchradd Jindai yn Tokyo, neu mor normal ag y maen nhw'n ei gael gyda Sousuke yn gwarchod Kaname. Ar ôl darganfod pwy fradychodd Mithril ac achosodd y digwyddiad morwrol, anfonir Kurz a Mao ar genhadaeth gyfrinachol er mwyn dal a dod â'r bradwr yn ôl.
Fodd bynnag, mae bywydau Sousuke a Kaname ar fin newid pan fyddant yn cwrdd â Leonard Testarossa, aelod uchel ei statws o grŵp dirgel o'r enw Amalgam. Ar ôl eu cyfarfod, mae Leonard yn ei rhybuddio y byddai'n gwneud unrhyw beth i'w recriwtio hyd yn oed os yw'n golygu rhyfel yn strydoedd Tokyo.
