Mae stori Kanon, wedi'i gosod yng nghanol y gaeaf, yn ymwneud â grŵp o bum merch sydd wedi'u cysylltu'n ôl â'r un bachgen. Roedd Yuichi Aizawa, y prif gymeriad, wedi ymweld â'r ddinas lle mae'r stori'n digwydd saith mlynedd cyn dechrau'r stori.
Yn y dechrau mae Yuichi ar wahân iawn o'r ddinas a'i thrigolion. Cyn iddo ddychwelyd, penderfynir ei fod am aros gyda'i gefnder, Nayuki Minase, a'i mam, Akiko. Ar ôl ei absenoldeb hir, mae Yuichi wedi anghofio bron popeth heblaw mân fanylion am yr hyn a ddigwyddodd saith mlynedd o'r blaen ac mae angen ei atgoffa o'r hyn a adawodd ar ôl.
Y diwrnod ar ôl i Yuichi ddychwelyd, mae allan gyda Nayuki sy'n ei ddangos o gwmpas y dref. Mae Nayuki yn cofio bod yn rhaid iddi brynu pethau i ginio ac mae Yuichi yn amharod i fynd gyda hi, gan ddadlau y gallai fynd ar goll. Eiliadau ar ôl i Nayuki ei adael yn aros ar y palmant, mae merch ryfedd o’r enw Ayu Tsukimiya yn cyfarth iddo heb fawr o rybudd. Ar ôl gwella, mae hi'n ei lusgo i ffwrdd i gaffi cyfagos ac yn cyfaddef iddo ddwyn bag wedi'i lenwi â taiyaki yn anfwriadol ar ôl cael ei ddychryn yn ddamweiniol gan y gwerthwr cyn iddi gael cyfle i dalu. Yna mae Yuichi yn llusgo Ayu yn ôl at y gwerthwr, mae'r ddau ohonyn nhw'n ymddiheuro am y drafferth, ac mae Ayu yn cael maddeuant. Maen nhw'n penderfynu cyfarfod eto ddiwrnod arall ac mae Ayu yn twyllo.
Nid yw Yuichi yn ymwybodol ar y dechrau, ond mae tair merch arall yr oedd wedi'u hanghofio yn gyfarwydd ag ef. Trwy gydol y stori, wrth iddo ddysgu am ymrwymiadau goruwchnaturiol y dref, atgoffir Yuichi o bob merch a digwyddiadau saith mlynedd yn ôl yn y ddinas dan orchudd o eira.
