Yn seiliedig ar gêm otome boblogaidd, mae Hakuouki yn dilyn Chizuru a'r Shinsengumi mewn realiti bob yn ail. Mae Chizuru yn teithio i Kyoto i chwilio am ei thad sydd ar goll ond ar ôl bod yn rhan o ddigwyddiad, daeth y Shinsengumi i mewn iddi lle mae'n cwrdd â'r aelodau gan gynnwys yr enwog Hijikata Toshizo a Okita Soshi. Roedd tad Chizuru yn cynnal ymchwil y llywodraeth ar gyfer cryfhau'r Shinsengumi a datblygodd yr ochimizu. Mae'r ochimizu yn fformiwla sy'n rhoi effeithiau cythraul ac adfywio cythraul ond ar ôl ei gymryd, mae'r defnyddiwr yn profi poen eithafol ac yn y pen draw yn troi'n anghenfil llwglyd yn y gwaed.
Mewn ymgais i amddiffyn Chizuru, mae Hijikata yn cymryd yr ochimizu ac er i'r sefyllfa gael ei hachub, mae'r salwch bellach yn effeithio arno. Gorfodir Okita hefyd i gymryd y fformiwla pan fydd ei dwbercwlosis yn ei atal rhag amddiffyn Chizuru ac ef ei hun. Gan deimlo’n gyfrifol am eu gweithredoedd, rhaid i Chizuru frwydro yn erbyn ei theimlad o ddiymadferthedd a dod o hyd i’r dewrder i gefnogi’r Shinsengumi.
