Goresgynnodd Ymerodraeth Britannia Japan gan ddefnyddio arfau robot enfawr o'r enw Knightmare Frames. Gostyngwyd Japan i Ardal 11, trefedigaeth ymerodrol, a chyfeirir at ei phobl fel yr Elevens. Ar y pryd, addawodd Lelouch, bachgen ifanc o Brydain a alltudiwyd i Japan, i'w ffrind o Japan, Suzaku, y byddai'n dinistrio Britannia.
Flynyddoedd yn ddiweddarach, mae Lelouch yn fyfyriwr ysgol uwchradd sy'n sgipio'r ysgol yn rheolaidd i chwarae gwyddbwyll a gamblo. Pan fydd yn baglu ar grŵp terfysgol o Unarddeg sy'n cael eu dal gan dasglu o Brydain ar ôl dwyn cyfrinach filwrol, mae Lelouch yn cael ei aduno'n annisgwyl â Suzaku, sy'n gweithio fel aelod o fyddin Britannian. Wrth i weddill y tasglu gyrraedd, mae Suzaku yn cael ei saethu am anufuddhau i orchmynion, tra bod y gyfrinach filwrol, merch ifanc, yn rhoi’r pŵer i Lelouch wneud i unrhyw un ufuddhau i unrhyw orchymyn. Gan gymryd rheolaeth o’r terfysgwyr, mae Lelouch yn mabwysiadu’r enw arall “Zero” ac yn dechrau ei wrthryfel i falu Britannia unwaith ac am byth. Fodd bynnag, buan y daw ei ffrind mwyaf yn un o'i elynion mwyaf trwblus pan ddaw Suzaku yn beilot model prawf newydd Britannia, Knightmare, y Lawnslot.
Nodyn: Mae storyline ychydig yn wahanol na'r anime.
