Mae firws Venus Versus yn troi o gwmpas bywyd y merched ifanc o’r enw Sumire Takahana a Lucia Nahashi, a gyfarfu fel Sumire a ddarganfuwyd yn gyfrinachol gyfrinachau Lucia yn y Venus Vanguard, grŵp sy’n hela cythreuliaid o’r enw “Virus” dan arweiniad tad mabwysiedig Lucia Nahashi. Nawr, wrth dderbyn swyddi gan bobl sy'n dod o hyd i lyfryn Venus Vanguard, maen nhw'n ymladd yn erbyn y “Firws” wrth geisio eu gwir wreiddiau a'u cymhellion, ac am hynny, mae Lucia yn canfod y gall Sumire fod yn llawer mwy defnyddiol nag y mae'n ymddangos.
