Crynodeb
Mae'r llinell stori yn dilyn Medaka Kurokami, disgybl blwyddyn gyntaf magnetig ac apelgar yn Academi Hakoniwa sydd wedi'i ethol yn Llywydd Cyngor y Myfyrwyr gyda 98% o'r bleidlais. Mae hi'n mynd i'r afael â'r deisebau hyn yn ei ffordd amhriodol, a chyda'r holl help gyda'i chyfaill plentyndod Zenkichi Hitoyoshi, mae'n sefydlu blwch awgrymiadau. Ar rychwant y naratif, mae lleoedd arweinyddiaeth cyngor y myfyrwyr yn cael eu dosbarthu ganddi i ddisgyblion eraill fel Mogana Kikaijima a Kouki Akune.
Mae Cyngor y Myfyrwyr yn dysgu bod cadeirydd yr academi yn golygu cychwyn swydd i arbrofi’n rymus ar ddisgyblion arferol, y Cynllun Fflasg, o’r enw Normals, fel y gallwch eu troi’n Abnormals, dyna bobl sydd â phwerau goruwchddynol. Mae Cyngor y Myfyrwyr yn gwrthdaro â disgyblion eraill sy'n ymwneud â defnyddio'r swydd ac yn ymdreiddio i labordy cudd yr ysgol.
Yn fuan wedi hynny, mae Misogi Kumagawa sy'n dymuno disodli Cyngor y Myfyrwyr ag un o'i heriau ei hun o Medaka i bencampwriaeth Cyngor y Myfyrwyr. O'i bwerau, mae dau ddisgybl heb eu selio ar ôl trechu Kumagawa a chwblhau eu cludiant i Academi Hakoniwa. Mae'r 2 yn tueddu i fod yn gryfach nag Abnormals ac fe'u gelwir yn “Not Equals”. Mae eu harweinydd, Anshin'in, yn bygwth ailgychwyn y Cynllun Fflasg unwaith y bydd Medaka yn graddio, gan yrru eu holynwyr i gael eu hyfforddi gan Gyngor y Myfyrwyr. Serch hynny, strategaeth gywir Anshin'in fyddai cael y statws fel Llywydd Cyngor Myfyrwyr Zenkichi usurp Medaka. Mae Zenkichi yn llwyddo ac yn gwneud hynny ar yr esgus o wella bywyd myfyriwr. Mae'n argyhoeddi Medaka i ganiatáu Cynllun Fflasg ar gyfer y bobl hynny nad ydyn nhw'n anfodlon.
Gan gymryd drosodd o'i chyfrifoldebau fel llywydd Cyngor y Myfyrwyr, buan y daw Medaka i gymryd rhan mewn pencampwriaeth i bennu ei gŵr. Medaka sy'n dod yn enillydd, gan ddewis priodi Zenkichi ar ôl i'r ddau ohonyn nhw raddio a mynd i mewn ei hun. Yn fuan wedi hynny, mae'r pal agos Hansode Shiranui o Zenkichi yn gadael yr ysgol. Mae Zenkichi a medaka yn canfod ei bod hi i fod yn westeiwr arall i Iihiko Shishime, plentyn 5000 oed. Mae'n cael ei drechu gan medaka ac yn diflannu ar ôl rhoi'r gorau i'r lleuad rhag damwain tuag at y Ddaear, dim ond i ailymddangos mewn pryd ar gyfer y gwasanaeth diwedd blwyddyn. Ar ôl iddi ddychwelyd, tybiwch safle ei thad o flaen conglomerate cwmni ei theulu, y Kurokami Group, dim ond i ddychwelyd yn ddiweddarach wrth i'r cadeirydd newydd a Medaka benderfynu gadael yr academi. Ddeng mlynedd ar ôl, roedd Zenkichi, wedi gweithio ei ffordd i fyny Grŵp Kurokami, gan ddod yn weithiwr lefel uchel cyn ailuno â hi, gyda’r ddau yn rhegi i beidio byth â chael eu hollti eto.