Yn y dyfodol agos, mae gwyddonydd o Japan yn peiriannu exoskeleton pwerus o'r enw “Infinite Stratos” (IS). Gan feddu ar dechnoleg a galluoedd ymladd yn llawer mwy datblygedig nag unrhyw system arf arall, mae'r GG yn bygwth ansefydlogi'r byd. Yn wyneb arf mor or-rymus, mae cenhedloedd y byd yn deddfu “Cytundeb Alaska”, sy’n nodi na fydd IS byth yn cael ei ddefnyddio ar gyfer brwydro yn erbyn milwrol a bod yn rhaid dosbarthu technoleg bresennol IS yn gyfartal i bob gwlad, er mwyn atal unrhyw un genedl rhag tra-arglwyddiaethu. y lleill. Fodd bynnag, mae cyflwyno'r GG yn cael effaith fawr ar gymdeithas. Gan mai menywod yn unig all weithredu IS, mae'r cydbwysedd pŵer rhwng dynion a menywod wedi torri, gyda menywod yn dod i ddominyddu cymdeithas dros ddynion.
Ddeng mlynedd ar ôl cyflwyno'r IS cyntaf, mae'r byd wedi dechrau oes newydd o heddwch. Chwalir yr heddwch, fodd bynnag, gan ddarganfyddiad annisgwyl. Darganfyddir bod bachgen 15 oed o Japan, o'r enw Ichika Orimura, yn gallu gweithredu GG. Gan wireddu'r potensial, mae Ichika yn cael ei orfodi gan lywodraeth Japan i fynychu'r Academi Stratos Anfeidrol fawreddog, academi ryngwladol lle mae peilotiaid IS o bob cwr o'r byd yn cael eu hyfforddi. Felly mae ei fywyd ysgol prysur wedi'i amgylchynu gan ferched yn dechrau.
