Yn 2065, mae'r Ddaear yng nghanol rhyfel gydag estroniaid dimensiwn ychwanegol o'r enw Nova. Mae'r lluoedd arfog yn datblygu ac yn hyfforddi Pandoras, merched a all ddefnyddio meinwe genetig arbennig o'r enw Stigmata (Seikon) I ddangos systemau a sgiliau arfau ymladd goruwchddynol. Yn cefnogi’r Pandoras mae partneriaid gwrywaidd o’r enw Limiters, sy’n defnyddio pwerau “rhewi” penodol i gyfyngu ar ryddid eu cystadleuaeth.
Unrhyw un o'r cyfyngwyr hyn yw Kazuya Aoi, yr oedd ei diweddar chwaer yn Pandora. Mae Kazuya yn cwrdd â Pandora cryf, Satellizer el Bridget, sydd â'r llysenw'r Frenhines anghyffyrddadwy, ar ei steil callous a'i affheffobia eithafol wrth fynd i Academi Geneteg West yn Japan. Er gwaethaf rhybuddion gan ei gyd-ddisgyblion i lywio'n glir o Lloeren, mae Kazuya yn cyfeillio â hi, ac mae'n gofyn am fod yn Gyfyngwr iddi. Mae lloeren yn cydsynio i gysylltu ag ef, er ei bod yn fuan yn syrthio ar gystadleuaeth mewn carwriaeth o'r enw Rana Linchen, sy'n credu mai Kazuya yw ei ffrind enaid ar ôl ei chefnogi trwy sawl ymladd yn erbyn gwrthwynebwyr colegau newid swyddi a chyrsiau. Pan fydd y Novas yn ymosod ar eu coleg gan ddefnyddio Pandoras o dan eu rheolaeth i gael mynediad i labordy tanddaearol y sefydliad, gohirir eu cystadleuaeth.
Mae Lloeren a Kazuya yn ymuno ag ychydig o ddisgyblion West Genetics i mewn i labordy yn Alaska, lle gallent fod i gynorthwyo ynghyd â thasg Evolution Pandora (E Pandora), gan ganiatáu i fenywod arferol gael trawsblaniadau Stigmata i ddod yn Pandoras. Pan fydd un ymhlith yr E Pandoras yn mynd ar ei draed, mae'r lleill yn cyhoeddi a yw'r meddyginiaethau yn yr arbrawf yn beryglus, ond yn cael eu gwneud i ufuddhau i ddymuniadau'r sefydliad busnes yn ogystal â'r rheolwr. Ar ôl darganfod, nes eu bod wedi bod yn wariadwy, eu bod i'w defnyddio, mae'r E-Pandora Amelia Evans yn cyfarwyddo gwrthryfel sy'n esgyn i'r eithaf ar Nova Clash.
Mae Kazuya yn dysgu mwy am gysylltiadau ei deulu â'r Nova yn ogystal â'r Pandora. Daeth taid-cu Kazuya, Gengo Aoi, o hyd i'r un swydd, sy'n gosod Rana a Lloeren i mewn i dîm unigryw gyda menywod o'r enw Valkyries. Serch hynny, trwy gydol y gweithgaredd arddangos gyda Nova wedi'i ddylunio'n benodol, mae twyllodrus yn cael ei brofi gan y Pandoras, yn ogystal â'r ffug Novas yn dod yn lleng o 100au o Nova sy'n dirywio Geneteg. Mae Gengo yn gwrthweithio hyn trwy ryddhau’r Pandoras Chwedlonol sy’n fodrybedd Kazuya. Ymdrech Chevalier i lofruddio Gengo gan gyflogi sawl euogfarn o'r enw'r Busters, pan fydd ychydig o'r Pandoras Chwedlonol yn newid yn Novas angheuol, ond mae'r aseiniad yn cwympo ar wahân.
