Mae'r Gorchymyn Diwethaf yn cychwyn pan fydd nanotechnoleg Desty Nova yn atgyfodi Alita yn ninas arnofiol Tiphares. Mae cyfrinachau duon y dref yn agored iawn, ond ymddengys ei bod yn gyfran fach o fyd sy'n gymhleth. Wrth fynd i'r gofod gyda chwmnïau hen a newydd i ddysgu mwy am ei gorffennol anghofiedig ac yn gyfartal, i chwilio am ei phal coll Lou Collins, mae Alita yn cael ei dal mewn brwydr rhyngblanedol rhwng prif bwerau cysawd yr haul a wladychwyd. Ar y ffordd, mae hi'n ffurfio cynghrair â thri o'r Replicas Alita sydd bellach wedi dechrau credu drostyn nhw eu hunain, uwch-edrychwr anniogel, a Nova ei hun pan fydd hi'n mynd i mewn i Dwrnamaint Zenith of Things (ZOTT), gornest ymladd a gynhelir bob 10 mlynedd. Gan gynnwys y ffordd yr ymddangosodd y Ddaear o aeaf effaith cataclysmig a ddileodd fwyafrif y cyhoedd trwy gydol y naratif, dangosir mwy o hanes ynglŷn â gosodiad Battle Angel Alita na ddatgelwyd yn y llinyn cynharach.
